陈飞尘都不知道这个命令会逐渐演变成屠杀，他不知道汉族与蒙族之间缺乏沟通，他更加不知道外蒙自古与中原帝国的历史，外蒙向来就是反叛的代名词。动乱成为了军队进驻后首要解决的事情，语言不同，再加上沟通存在障碍，冲突就成为主流，逐渐冲突变成了血腥镇压。
鲜血染红了乌兰巴托，一夜之间陈飞尘的大名传遍了外蒙各族，甚至内蒙各旗也对此意见很大。等陈飞尘知道下令制止的时候已经为时已晚，错误已经铸成。对此陈飞尘只能报之苦笑。
陈飞尘还是压下了对此次事件的直接当事人一师副师长郝鹏的扭送军事审判的提议。陈飞尘回答很简单：“要论罪过我最大，命令是我下达的，要处分我第一个！”
原本就暂时安稳的党内又开始起了波澜，一时间要求严惩陈飞尘的呼喊声高涨，最后主席甚至拍了桌子方才让这些声音消失。主席公开说道：“现在战争还没有结束，就是结束我们也不能对国家领土负责新血的有功之人严惩，我们这是过河拆桥，我们这是卸磨杀驴！过不抵功，陈飞尘对国家领土保持完整那是有大功劳的！今后这件事就不要提了，谁要再提起，我就让他上前线，让他去知道什么是保家，什么是卫国，不要呆在后方只会动动嘴皮子！”
陈飞尘已经下达命令第三军主力调出乌兰巴托，安排50军进驻，38军向科布多挺进，而第三军则是折回向赛音山达攻击，独立三个师驻防乌拉巴托北、西、东三个方向协助50军防守乌兰巴托。
陈飞尘现在计划中心就是扫清外蒙内的敌方势力，赶在苏联大军进入之前，尽可能消灭敌人，最大限度杀伤敌军。
内蒙一部分兵力还必须防守来自西北方向的国军，那里是马家军的天下，这也促使内蒙不能尽全力处境作战。但是尽管如此，内蒙还是集合了近十万部队进入外蒙作战，阿拉善方向是内蒙军队的主战场，这里几乎都是沙漠地带，可是就是这里，成为最激烈的战场。
当陈飞尘派遣最后的后备部队来自北满的独立师抵达阿拉善地区之后，战局立刻得到改善，似乎敌人也散发了最后的精力，敌人突然没有了抵抗力，敌人终于被击溃了。至此，外蒙终于全线对内蒙边境开放！大军毫无阻拦的进入外蒙。各项物资开始源源不断进入外蒙。
18日。外蒙除了接近苏联边境一线极少地区没有收复外，其余全部拿下。至此收复外蒙之战落幕。耗时三天四夜。西线总共伤亡2万余人，大部都是内蒙军区地方部队战士。大战结束了，但零星战斗还有，散兵游勇还在不时骚扰着，这让陈飞尘不得不派遣部队进行剿灭，可是外蒙地广人稀，还有不少地方是大漠，便于敌人躲藏，这大大加大了消灭的难度。
同时来自苏联方向的压力也越来越大，与苏联接边的地区形势越来越严峻。苏联大兵压境似乎随时都有可能出现，陈飞尘有个预感，苏联老毛子的反扑就要到了。
外蒙虽然暂时回到了祖国的怀抱，可是随时都有可能失去。中央为了加强管理，特意派遣了精兵强将加强外蒙地方政府实力，挑选的干部都是内政人才。
陈飞尘心里并不同意这么做，大战在即，这个时候建设还为时过早，就是拉拢人心时间上也来不及。在陈飞尘看来对于外蒙异族首要的就是强硬而不是讲道理。
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